डॉ. दीपक प्रभाकर को मानसिक स्वास्थ्य देखभाल, शिक्षा एवं प्रशासन का व्यापक अनुभव है। वह देश के सबसे बड़े निजी गैर-लाभकारी मानसिक स्वास्थ्य प्रदाता शेपर्ड प्रैट में चिकित्सा प्रमुख के रूप में कार्य कर चुके हैं।

डॉ. दीपक प्रभाकर ने गुजरात के एनएचएल म्यूनिसिपल मेडिकल कॉलेज से मेडिकल की पढ़ाई की है।
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